Yûgi Muto est un garçon dont le point faible est d'être trop gentil. Il se fait continuellement embêter par les autres élèves de son école. Un jour il reçoit de son grand-père un objet trouvé lors d'une fouille en Égypte : le puzzle Millénaire. Nul n'était auparavant parvenu à reconstituer cet antique objet, mais le jeune Yûgi réussit finalement à l'assembler.

À cet instant, est libéré l'esprit d'un ancien pharaon d'Égypte, enfermé jusqu'alors dans le puzzle, qui viendra habiter le corps de Yûgi. C'est un être sûr de lui et ne reculant jamais devant rien. Cependant, peu de gens sont au courant de la vérité. Le pharaon est spécialiste de tous les types de jeu. Il est d'ailleurs le maître du jeu des ténèbres. Mais pour une raison inconnue, il ne se souvient pas de son passé ni qui il est exactement.